En la temporada 2011 el Profesor Habegger regresa a la máxima categoría del fútbol ecuatoriano, conduciendo al club Liga de Loja.
 
Con el club Municipal, se consagra Campeón del Torneo Apertura 2009-2010 en el fútbol centroamericano, clasificando a la Liga de Campeones de la Concacaf.
 
   
Jorge Habegger es un exitoso director técnico argentino, con una destacada trayectoria en prestigiosos clubes como Boca Juniors (Argentina), Selección Nacional de Bolivia, club Al Nassr y club Al Ettifaq (Arabia Saudita), club Barcelona y club Emelec (Ecuador), club Municipal (Guatemala), club Junior de Barranquilla (Colombia), club Bolivar y club The Strongest (Bolivia), club Huracán (Argentina), entre otros.

Con una enorme experiencia en torneos internacionales, ha dirigido en 7 Copas Libertadores de América (dos veces semifinalista), Eliminatorias Copa del Mundo FIFA (Italia 1990 y Korea-Japón 2002), Arab Champions League, Copa América, Copa Sudaméricana, Copa de Oro, Copa Merconorte, SuperCopa, Sudamericano Sub 20, Juegos Panamericanos, etc.

Reconocido como uno de los entrenadores más serios y respetados del medio futbolístico sudamericano, ha sido campeón en 15 oportunidades y subcampeón 5 veces, siendo valorado también por la permanente promoción de jugadores juveniles en todos los clubes donde ha dirigido.
 
Con Boca Juniors de Argentina, conquistó como DT en forma invicta la Copa de Oro “Nicolás Leoz”, uno de los títulos internacionales que convierten a este club en el equipo más ganador del mundo junto al Milán FC de Italia.
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Con Barcelona de Guayaquil ha sido campeón nacional y subcampeón en diferentes años, siendo también semifinalista de la Copa Libertadores de América.
   
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